Der Wert von GmbH-Anteilen ist z.B. von Bedeutung, wenn die Anteile entnommen wurden oder bei einer Betriebsaufgabe. In diesen Fällen ist in der Regel in Höhe der Differenz zum Buchwert ein Gewinn zu versteuern. Über den Ansatz des Wertes muss meist mit dem Finanzamt gestritten werden. Früher war das sog. Stuttgarter Verfahren üblich. Dabei ergab sich der Wert nach einer Formel aus dem Substanzwert und dem Ertragswert.
Die Finanzverwaltung hat nun angeordnet, dass für ertragsteuerliche Zwecke die Bewertungsmethoden anzuwenden sind, die für die Erbschaft und Schenkungsteuer entwickelt wurden. Seit der Reform der Erbschaft und Schenkungsteuer mit Wirkung ab 2009 ist bei diesen Steuern grundsätzlich der Verkehrswert anzusetzen. Dieser ist auch für Entnahmen und ähnliche Vorgänge bei den Ertragsteuern maßgebend.
Wie GmbH-Anteile für die Erbschaft- und Schenkungsteuer zu bewerten sind, hat die Finanzverwaltung im Einzelnen erst vor kurzem in überarbeiteten Erlassen bestimmt. Danach ist wie bisher der Wert möglichst aus Verkäufen unter fremden Dritten abzuleiten, die höchstens ein Jahr zurückliegen.
Gab es keine Verkäufe, ist der Wert aufgrund der Ertragsaussichten zu schätzen. Es können auch im Geschäftsverkehr übliche Bewertungsmethoden herangezogen werden, auch branchenübliche Bewertungsverfahren. Es kann auch ein Gutachten vorgelegt werden. Ferner kann ein vereinfachtes Ertragswertverfahren gewählt werden. Bei diesem wird der durchschnittliche Ertrag der letzten drei Jahre kapitalisiert.
Mindestwert ist der Substanzwert des Unternehmens. Dieser besteht im Wesentlichen aus dem Verkehrswert der zum Betriebsvermögen gehörenden Aktiva und Passiva. Auch selbstgeschaffene Wirtschaftsgüter sind anzusetzen, wenn ihnen ein Wert zugewiesen werden kann, z.B. Geschäftswert, Firmenwert, Kundenbeziehungen oder praxiswertbildende Faktoren.